Carlos,
En teoria, el terminal server es transparente para la aplicacion, por lo que si te funciona desde el escritorio, deberia funcionar desde una “terminal”.
Ahora, no tengo conocimientos avanzados de la implementacion de Terminal services como para saber si no es tan transaparente como debiera, pero la teoria indica qus si anda local, debe andar mediante un acceso remoto, que no hace mas que ejecutar lo mismo que cuando estas local.
Podrías probar de lanzar la aplicacion desde libertya.bat y podras ver los mensajes en la consola DOS.
Saludos
Antonio.