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Pablo,
Primeramente, el java DEBE ser 1.6 y no 1.5. Sino no va a funcionar la aplicación.
Luego de subsanado ese tema (que tal vez sea el origen del siguiente) tenes que seguir el instructivo de instalación en particular la parte de agregar el plJava que es lo que no está encontrando. Lo extraño es que si encuentra el esquema sqlj que se crea justamente cuando se instala el PLJava, por lo que me inclino por que el problema está en el java instalado en el equipo.
Para evitar problemas, te conviene desinstalar cualquier otro java que no sea el java SUN 1.6 (ubuntu viene con gnujava además) y asegurarte que cuando ejecutas “java” sea la versión 1.6 (eso con java –version) y que el JAVA_HOME esté seteado contra la carpeta del java 1.6
Saludos
Antonio