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Gustavo,
El error que te da no tiene relacion con el postgres sino con la instalación de JAVA en tu sistema operativo. El script Configurar.sh espera encontrar la variable JAVA_HOME disponible en tu usuario (con el que ejecutas el configurar) para poder ubicar el binario de java.
Normalmente, eso se puede poner en el archivo /etc/profiles para que quede disponible para todos los usuarios, pero también funciona si ejecutás la linea que mencionan antes (la del export) justo antes de configurar.sh en la terminal. También podes agregar las líneas directamente en el script de configurar.sh (pero también tendrás que hacerlo en el IniciarServidor.sh y eventualmente en Libertya.sh si lo arrancas a mano)
La mejor opción es ponerlo en el /etc/profiles o en el .bashrc de tu usuario.
para encontrar cuál es el java correcto podes ejecutar la siguiente linea:
$ which java
y eso te dará todos los lugares donde el archivo java se encuentre accesible según tu variable PATH, es decir, te dirá cuál es el archivo que ejecutará si pones solo “java” en una consola.

un tema adicional: el postgresSQL instalado desde la interfaz gráfica no tendrá seguramente el SQLJ instalado y deberás seguir la wiki para su correcta configuración.

Saludos y suerte!
Antonio.