Buenas,
Te comento la semántica de cada checkbox:
Actualizar cuentas por defecto
Lo que hará el importador si seleccionás esta opción será sobreescribir la configuración de cuentas por defecto, la cual podés encontrar en la ultima pestaña de Esquema Contable.
Estas cuentas por defecto facilitan la tarea de realizar la configuración contable al crear nuevos artículos, entidades comerciales, etc.
Si te fijas en el .csv del plan de cuentas que viene con libertya, ya están configuradas las cuentas por defecto que se utilizan.
Crear nueva combinación
Si mal no recuerdo, esto generará las nuevas combinaciones de cuentas validas (validcombination), utilizando para esto los elementos contables del plan de cuentas. De todas maneras las combinaciones se van generando según utilices la aplicación.
Borrar registros antiguos ya importados
Si has realizado más de una importación, esta opción hará que los registros de la importación anterior sean eliminados (los registros de la tabla I_ de importación, no los datos en producción).
Saludos,
Federico