Buenas,
Tenés varias maneras de hacer esto. La más rápida es mediante el uso de la funcionalidad Recibos de Cliente. Supongamos que tenemos una factura de cliente emitida por $100 y que nuestro cliente nos paga con un cheque por $500.
Entonces los pasos son:
1) Primeramente haber generado la factura por $100 para ese cliente.
2) Desde Recibos de Cliente, emitir un cobro adelantado (medio de cobro cheque) por $500 (sin cancelar nada).
3) Nuevamente, desde Recibos de Cliente, realizar ahora un cobro normal, en el que se selecciona la factura a cancelar creada en el punto 1. Indicar el monto a cancelar de la misma (en el ejemplo $100, aunque podríamos estar cancelando parte de la misma). En la segunda pestaña, indicar como medio de cobro, Cobro Adelantado, y seleccionar el cheque cargado en el punto 2.
El cheque todavía tiene un remanente de $400 para cancelar otras deudas del cliente.
Saludos,
Federico