Te recomiendo leer el siguiente enlace, en donde se explica bien el funcionamiento de CUPS http://www.alcancelibre.org/staticpages/index.php/como-cups
Entrá a cups (localhost:631) Fijate en Printers / la impresora en cuestión / set default options (en el segundo desplegable) y ahí puedes cambiar el tamaño por defecto (si es que el mismo existe).
Los tamaños de los papeles vienen manejados por los controladores de impresoras (archivos ppd) que están en /etc/cups/ppd/nombre de la impresora
Si no está, en este link http://listas.velug.org.ve/pipermail/l-linux/2007-September/063166.html vas a ver cómo hacer para agregarlo.
Reiniciás cups y deberías poder poner como defecto el tamaño que quieres y no tocar más nada al imprimir.
