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Si interesa solo registrar el pago (independientemente de como se pague) una alternativa podría ser
1) Ingresar una Nota de Crédito para el cliente por le importe XX.
2) Ingresar una Factura de Proveedor para el cliente, (o bien crear un documento de tipo Factura de Proveedor) por el importe XX.
3) Pagar la factura con el medio de cobro CREDITO, en el cual tendrás la nota de crédito ingresada en el punto 1.

Pero si interesa registrar como se le pago, entonces quizá se podría anular la factura de venta, crear una factura de proveedor para el cliente y pagarla en efectivo desde la Orden de Pago.

Son opciones, aunque no se si es lo que buscas modelar.