[Javier Ader]

No, la categoría de IVA se configura a nivel de compañía y es compartida por todas las organizaciones que la componen (pensá Organización como sucursal); así está diseñado.
Tu categoría de IVA la especificas en Perfil Conf. de Coampañia; Conf.de Compañia->Compañia; Solapa Información de Compañia; supongo que en tu caso Responsable Monotributista (si no me equivoco no deberías tocar nada mas; necesariamente de debería obligar facturas C, creo….)