Miriam,
Tal como sugiere mandinga, deberías buscar el cuello de botella mediante alguna herramienta como pgFouine.
De todas maneras, es un fenómenro raro el que indicás, más que nada porque el costo computacional de una actualización es un base de datos es mucho menor al de una inserción o eliminación. Quizás hayan incorporado constraints o triggers adicionales en la instancia que eleven los tiempos de actualización?
Como referencia, te comento que en varias instancias que se encuentran en producción de las que tengo conocimiento se realizan actualizaciones diarias de precios de forma masiva, sin mayores inconvenientes en los tiempos; incluso considerando un número de artículos superior a 50000.
Saludos,
Federico
