Buen día Juan,
Este es un problema que se da porque se genera un error y como la factura ya fue creada, queda como duplicada pero en realidad no se debería haber creado.
Esto mismo ocurría en impresiones fiscales, pero fue resuelto con la ventana de Reimpresión o Anulación. Por lo pronto no existe esta funcionalidad para Facturas Electrónicas y la única solución que existe estimo es que anulen los comprobantes duplicados.
Saludos
Matías
