Trataré de pasar en limpio tu consulta.

Tenés un Artículo XX que lleva la alícuota 21%.
Te viene una factura de un proveedor donde se te factura el Artículo XX. El proveedor es monotributista, con lo cual en el detalle de su factura tenemos el valor final, sin discriminar el IVA.

Cuando vas a Libertya a cargar la factura, el sistema toma bien el tipo de comprobante C.
Al momento de cargar la línea de pedidos, seleccionás el Artículo XX y te pide el monto. Acá, se debería ingresar el monto tal cual figura en la factura, pero el sistema automáticamente la agrega el IVA de 21%, que es el que tiene configurado el producto.

Tu consulta, si no me equivoco, es porqué el sistema, al ingresar el Artículo XX, agrega el IVA del 21% sabiendo que la factura proviene de un monotributista.

Corregime si me equivoco.