Buenas!
Primeramente eliminemos un posible problema. Está correctamente referenciado en el eclipse el JRE de Sun?
Deberías verificarlo desde: Project -> Properties -> Java Build Path. Una vez ahí, hay que acceder a la pestaña Libraries.
Al final del listado de jars, vas a encontrar una entrada que dice: JRE System Library [java-6-sun-1.6.0.xx] (xx según el update con el que cuentes).
En caso de encontrarse con una marca de error, significa que hay que redireccionarlo al path donde se encuentre en tu sistema, ya que el proyecto Libertya de Eclipse tal como está en los fuentes de la 9.10 apunta al directorio: /usr/lib/jvm/java-6-sun.
Para esto debes ir a Window -> Preferences -> Java -> Installed JREs. Una vez ahí deberías tener una entrada al jre de sun, la cual deberías corregir en caso de estar incorrectamente especificada.
Eliminado este posible problema, verificá que el orden de exportación sea correcto:
Desde Project -> Properties -> Java Build Path. Pestaña Order and Export.
En este caso primeramente (al tope) deberán listarse todos los directorios del proyecto, luego el JRE de SUN (en el medio) y finalmente todos los jars del proyecto.
Por último, verificá también que el JDK Compliance esté correctamente configurado:
Desde Project -> Properties -> Java Compiler.
Deberá tener seteado el Compiler Compliance Level a 1.6
Espero que con alguno de estos tips puedas resolverlo. No dudes en consultar si seguís con problemas.
Suerte!
Federico