Dario,
La rápida compilación (y ejecución de la aplicación) desde Eclipse te permitirá desarrollar y debuggear desde dicho entorno a fin de agilizar los tiempos de codificación / búsqueda de errores / etc.
Sin embargo, la compilación definitiva para una puesta en producción deberá ser realizada mediante el tradicional Compilar.bat o Compilar.sh.
Saludos,
Federico.
