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La parte de gestion de empleados solo es informativa. No hay logica asociada a esas ventanas. Solo sirve para registrar el dato y hacer algún informe.
Una manera mas “elegante” aunque mas trabajosa tambien, es crear un tipo de documento similar a una factura de proveedor, pero no Fiscal que sea “recibo de haberes”. Luego, creas un producto para cada concepto del recibo, y los asocias a la cuenta contable que corresponda. Asegurate de ponerle una Tasa de IVA =0 para que no calcule impuestos.
Una vez hecho esto, podes crear el Recibo de haberes (desde la ventana de facturas de proveedor) con sus conceptos y montos y luego pagarlo con una Orden de pago “normal”. Ese recibo, se lo imputás a la Entidad comercial “empleado” (podes crear una para cada uno) y el pago también. Tenés que tener en cuenta que el pago es por el total incluidas cargas laborales ya que lo que registras no es el pago efectivamente hecho, sino el dinero total que te cuesta.
Podrías jugar un poco con comprobantes de tipo NC para descontar de ese recibo de haberes la parte que no le pagas y luego hacer el pago por lo que efectivamente le das en mano.
Todo esto, por supuesto es mucho mas complicado que simplemente sacar un pago anticipado o un pago por caja, pero contabilizaría todos los conceptos.

Saludos
Antonio.