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En Recibo de Clientes, existe una opción de selección que permite determinar si el cobro es un pago adelantado o un cobro normal. Deberías
1) Realizar un cobro adelantado usando dicha opción. Eso te permite realizar un recibo donde conste que se ingresó determinado cobro a nombre de una EC.
2) Si deseas imputar ese cobro adelantado a la factura a crédito, deberás volver a realizar un cobro normal para la factura en cuestión pero tomando como medio de cobro la opción de Pago Adelantado.