[Javier Ader]

Si no estoy equivocado, las facturas C solo la emiten los monotributistas; no es una cuestión de elección.
Casi seguro que Libertya esta usando tu definición de categoría de IVA, la cual esta definida en la primer o segunda solapa de Compania (si ahi no sos monotributista, no te va a dejar emitir C). Con esta categoría y la de tu cliente, escoge automáticamente la letra de la factura.