Muchas gracias Federico, fue de gran ayuda.
Agrego algo relacionado: cuando dejo el jar en lib/plugins, en Windows al menos, no instala los binarios al ejecutar Configurar.exe porque está queriendo ubicar el archivo Libertya.sh en utils y no lo encuentra.
Eso ocurre con la versión del instalador. Si extraigo la carpeta utils desde el mismo exe del instalador dentro de la carpeta de instalación, no tiene problema porque incluye ese archivo.
Espero haber sido claro.
Saludos